Hãng bị các tai nạn nghiêm trọng sau đây:

• Ngày 6.12.1971, máy bay Fokker F27 ST-AAY bị không tặc buộc đáp xuống Tikaka, 10 người tử thương
• Ngày 16.8.1986, máy bay Fokker F27 ST-ADY bị quân du kích bắn hạ ở Malakal, 60 tử thương
• Ngày 8.6.2003, máy bay Boeing 737-200 ST-AFK bị rớt ở Port Sudan, 116 tử thương, một sống sót, xem Sudan Airways Flight 39‎
• Ngày 30.3.2007 máy bay Airbus A300-600 bay từ Tripoli (Libya) về Khartoum bị không tặc buộc bay sang Nam Phi, nhưng được phép đáp xuống Khartoum để đổ thêm nhiên liệu, sau đó tên không tặc bị bắt (không ai bị thương tích).
• Ngày 10.6.2008, máy bay Airbus A310 (chuyến bay 109) bị bốc cháy khi đáp xuống Sân bay Khartoum, ít nhất 29 người chết và 14 mất tích[3][4]